Chronyd で同期できない現象が起こっていましたが。
セグメント3つを許可していたのですが、一行で設定してはだめっだったようです。
allow 192.168.1.0/24
allow 192.168.2.0/24
allow 192.168.3.0/24
のように、3行にわけたらできました。
ちなみに、allow 192.168.1.0/24 192.168.2.0/24 192.168.3.0/24 と書いた場合は、
一番最初の 192.168.1.0/24 だけ許可されるようです。